Vào đầu thế kỷ 19, các tư tưởng tiến hóa được chú ý nhiều, đặc biệt là thuyết sự biến đổi các loài được đưa ra bởi Jean-Baptiste Lamarck. Đây là các tư tưởng đã từng bị chống đối về mặt cơ sở khoa học, điển hình nhất bị là chống đối bởi Georges Cuvier cũng như là về mặt chính trị và tôn giáo.[1] Các tư tưởng cho rằng các quy luật tự nhiên chi phối sự phát triển của tự nhiên và xã hội đã thu hút được lượng lớn người quan tâm, trong đó có The Constitution of Man của George Combe năm 1828 và tác phẩm vô danh Vestiges of the Natural History of Creation năm 1844. Vào năm 1859, Charles Darwin xuất bản cuốn Nguồn gốc muôn loài. Trong vòng từ 15 đến 20 năm, ông đã thuyết phục được đa số cộng đồng khoa học rằng tiến hóa theo tổ tiên chung là đúng. Nhưng mặc cho chọn lọc tự nhiên là một thuyết chắc chắn và có thể kiểm chứng được bằng thực nghiệm, quan điểm xem nó là cơ chế chính của sự tiến hóa, nói chung, đã bị bác bỏ.[2]

Ban đầu, những cuộc chống đối thuyết tiến hóa của Darwin đều mang tính khoa học hay tôn giáo. Nhưng cuối cùng, mặc dù cơ chế tiến hóa mà Darwin đưa ra là chọn lọc tự nhiên bị tranh cãi kịch liệt bởi các học thuyết khác như Lamarck và thuyết khai sinh chính thống, những người sống đương thời với Darwin cũng chấp nhận thuyết sự biến đổi các loài nhờ vào các bằng chứng hóa thạch; họ đã lập ra Hội X để bảo vệ học thuyết đó tránh bị tấn công bởi giáo hội và các cá nhân giàu có.[13] Cách giải thích tiến hóa từ từ của Darwin cũng đồng thời đối nghịch với thuyết đại đột biến và thuyết tai biến. Nam tước người Anh Kelvin đã dùng khoa học để chống đối với tiến hóa từ từ dựa trên các đo đạc nhiệt động học của ông để tính tuổi của Trái Đất là vào khoảng từ 24 đến 400 triệu năm tuổi, một con số ước đoán bị phản đối mạnh mẽ bởi các nhà địa chất. Các số liệu này sau đó được điều chỉnh lại vào năm 1907 khi các đo đạc phóng xạ trên đất đá cho thấy Trái Đất có hàng tỷ năm tuổi.[14][15] Quan điểm của Kelvin có thể được xem là một biến thể của tiến hóa hữu thần, nhờ có sự chỉ bảo của thánh thần mà quá trình tiến hóa xảy ra nhanh chóng.[16] Mặt khác, chỉ có riêng cơ chế di truyền mà Darwin đã đưa ra, còn gọi là thuyết mầm, là thiếu các bằng chứng ủng hộ. Vào đầu thế kỷ 20, thuyết mầm được thay thế bằng di truyền Mendel, mở đầu cho sự vươn lên của thuyết tổng hợp tiến hóa hiện đại. Thuyết tổng hợp tiến hóa hiện đại đã được chấp nhận hoàn toàn bởi các nhà sinh học nhờ tìm được các bằng chứng mới như di truyền học, giúp xác nhận các tiên đoán của Darwin là đúng và loại bỏ các học thuyết đối chọi khác.[17]

Từ năm 1860 cho đến những năm 1870, Đạo Tin Lành, đặc biệt ở Hoa Kỳ, bị "vùi dập gay gắt" bởi những cuộc tranh luận về thuyết tiến hóa, trong đó bước ngoặt cho thấy thuyết tiến hóa đã được chấp nhận có lẽ là từ khi Louis Agassiz mất năm 1873. Cho đến năm 1880, một dạng tiến hóa "theo kiểu Cơ đốc giáo" đã được hưởng ứng.[18] Ở Anh, trong lúc việc xuất bản cuốn The Descent of Man của Darwin vào năm 1871 làm dấy lại cuộc tranh cãi có từ thập niên trước thì giữa những năm 1860 và 1885, Sir Henry Chadwick đã chú ý thấy rằng "những Cơ Đốc nhân có nhiều học thức" kiên quyết chấp nhận thuyết tiến hóa. Điều này làm cho học thuyết tiến hóa "vừa hợp lệ vừa đáng trân trọng" trước năm 1876.[18] Cùng thời gian đó, bài thuyết giảng Mối liên hệ giữa tôn giáo và khoa học (1884) của Frederick Temple trình bày lý do thuyết tiến hóa không "thù địch" với tôn giáo đã nhấn mạnh thêm xu hướng này.[19] Sự kiện Temple được bổ nhiệm làm tổng giám mục giáo hội Anh sau đó vào năm 1896 đã cho thấy rằng thuyết tiến hóa đã được chấp nhận rộng rãi trong giáo hội.[18]

Trong nhiều thập niên, Công giáo Rôma đã né tránh, không bác bỏ thuyết tiến hóa một cách chính thức. Thế nhưng, khi những người theo Công giáo nghi vấn hay nói rằng thuyết tiến hóa có thể hòa hợp với Kinh thánh sẽ bị vạ tuyệt thông bởi điều này trái ngược với phát hiện của Hội đồng Vatican lần thứ nhất (1869–70) rằng Chúa tạo ra mọi thứ từ cái không có. Vào năm 1950, trong thư Humani Generis gửi cho toàn thể giám mục, giáo hoàng Piô XII đã lần đầu tiên đề cập chính thức và trực tiếp đến thuyết tiến hóa.[20] Ông cho phép truy tìm nguồn gốc loài người trước khi có vật chất sống nhưng không cho phép nghi vấn Adam và Eva hay sự tạo dựng linh hồn. Vào năm 1996, giáo hoàng Gioan Phaolô II tuyên bố thuyết tiến hóa "còn hơn cả một thuyết" và thừa nhận rằng để hoàn thành một tuyệt tác lớn thì cần phải trải qua một giai đoạn tích lũy dài, nhưng ông lặp lại rằng bất kỳ sự cố gắng nào giải thích linh hồn con người theo vật chất đều "không tương hợp với sự thật về con người".[21]

Sự phản kháng của những người theo Hồi giáo, nói chung, là của những người tin vào thuyết tạo dựng đã được ghi rõ trong kinh Qur'an. Mặt khác, cũng có nhiều người người Hồi giáo có học thức chấp nhận một dạng thuyết tiến hóa hữu thần hay được thần thánh chỉ dẫn, theo đó kinh Qur'an củng cố thay vì mâu thuẫn với khoa học. Điều này đã diễn ra khá nhanh vì các trường hồi giáo Madrasah trung cổ đã dạy các tư tưởng của Al-Jahiz, một học giả Hồi giáo sống ở thế kỷ thứ 9, người đã đề xuất các khái niệm tương tự với chọn lọc tự nhiên.[22] Tuy nhiên, thế giới Hồi giáo vẫn còn chậm chấp nhận thuyết tiến hóa khi mà những người đứng đầu bác bỏ triết học duy vật bổ trợ cho thuyết tiến hóa vì cho rằng nó nói sai về nguồn gốc con người và phủ nhận Allah.[22] Các cuộc chống đối sau đó nữa của các học giả Hồi giáo và nhiều tác giả đã phản ánh phần lớn những cuộc chống đối ở phương Tây.[23]

Không kể đến sự chấp nhận của các hệ tôn giáo lớn, các cuộc chống đối học thuyết Darwin trước đây hiện vẫn còn đối nghịch với sự tiến hóa. Ý tưởng các loài thay đổi theo thời gian qua quá trình tự nhiên và các loài khác nhau có cùng tổ tiên dường như mâu thuẫn với các dữ kiện Chúa tạo ra thế giới. Những người tin tưởng kinh thánh không thể sai lầm đã gán ghép cho học thuyết Darwin là dị giáo. Lý luận người làm đồng hồ của Paley, một luận cứ thiết kế mà những người đấu tranh cho thuyết sáng tạo vẫn còn dùng, là ví dụ điển hình cho Thần học tự nhiên vào đầu thế kỷ 19. Thần học tự nhiên ban đầu chỉ bao gồm một số các tư tưởng và luận cứ, đến khi học thuyết của Darwin được công bố thì các tư tưởng về tiến hóa hữu thần được bổ sung vào; theo đó tiến hóa được chấp nhận là nguyên nhân thứ yếu có thể nghiên cứu khoa học, còn Chúa vẫn được xác nhận là nguyên nhân chính yếu, có vai trò không rõ rệt trong việc điều khiển quá trình tiến hóa và tạo tác con người.[24] Thần học tự do, môn thần học hiện đại xem Kinh thánh và Torah là những dụ ngôn, cùng với các hệ phái Cơ đốc giáo và Do Thái giáo đã đón nhận quan điểm này, làm xóa nhòa mâu thuẫn giữa thuyết tiến hóa và tôn giáo.

Tuy nhiên, trong những năm 1920, những người theo Cơ-đốc giáo nền tảng ở Hoa Kỳ đã biến những cuộc tranh cãi chống lại Thần học tự do về mặt diễn dịch Kinh thánh thành cuộc phản đối việc giảng dạy thuyết tiến hóa vì sợ rằng ‘‘Thuyết tiến hóa của Darwin’’ sẽ dẫn tới chủ nghĩa quân phiệt Đức và là mối đe dọa đối với tôn giáo và đạo đức. Cuộc phản đối này đã hình thành nên cuộc tranh cãi giữa thuyết sáng tạo và thuyết tiến hóa liên quan đến việc những người theo Cơ-đốc bảo thủ ở Hoa Kỳ phản đối việc dạy thuyết tiến hóa ở các trường công. Mặc dù các cuộc chống đối ban đầu đã chối bỏ thuyết tiến hóa do mâu thuẫn với cách diễn giải Kinh thánh của họ, luận điểm này trở nên vô giá trị sau khi Tối cao Pháp viện Hoa Kỳ ra phán quyết trong vụ kiện Epperson và Arkansas rằng việc cấm giảng dạy thuyết tiến hóa vì mục đích tôn giáo là vi hiến theo Điều khoản Thành lập trong Hiến pháp sửa đổi lần thứ nhất của Hoa Kỳ.[25]

Kể từ đó, các cuộc chống đối thuyết tiến hóa của những người theo thuyết sáng tạo trở nên yếu ớt hơn, họ dựng thêm đủ loại cáo buộc chẳng hạn như cáo buộc rằng thuyết tiến hóa là phi khoa học, xâm phạm tự do tín ngưỡng của họ hay cho rằng việc thừa nhận thuyết tiến hóa cũng là một quan điểm mang tính tôn giáo.[26] Những người theo thuyết sáng tạo đã yêu cầu thay đổi các nguyên tắc dân chủ cho sự công bằng vì theo họ thuyết tiến hóa vẫn còn gây tranh cãi và do đó môn khoa học trong trường phải nên "Dạy về cuộc tranh cãi".[27] Những cuộc chống đối thuyết tiến hóa như vậy cuối cùng trở thành Thiết kế thông minh vào đầu những năm 2000 và hoàn toàn thất bại khi cố gắng đưa nó trở thành một lựa chọn khoa học thay thế thuyết tiến hóa.[28][29]